Decreto 54/2025 y gestión de documentos electrónicos: obligaciones para empresas españolas

El Decreto 54/2025: nueva regulación de documentos electrónicos

El Decreto 54/2025, de 15 de abril, establece el marco técnico y jurídico para la gestión, almacenamiento y conservación de documentos electrónicos de naturaleza mercantil y fiscal en España. El decreto desarrolla las previsiones de la Ley del Impuesto sobre el Valor Añadido y del Código de Comercio en lo relativo a los requisitos de autenticidad e integridad que deben cumplir los documentos digitales para tener plena validez legal.

Uno de los cambios mas significativos que introduce el decreto es la clarificación de que un simple archivo PDF sin firma electrónica ni mecanismo de integridad verificable no constituye un documento electrónico con plena validez probatoria a efectos fiscales.

Plazos de conservación de documentos comerciales

El Código de Comercio y la normativa fiscal establecen los siguientes plazos mínimos de conservación:

• Documentos comerciales (facturas, contratos, albaranes): 6 anos desde la fecha de emisión o desde el cierre del ejercicio al que corresponden
• Libros de contabilidad y justificantes: 6 anos desde la ultima anotación
• Documentación con trascendencia tributaria: 4 anos desde el plazo de presentación de la autoliquidación correspondiente, aunque en la practica se recomienda conservar 6 anos
• Documentos laborales: 4 anos para cotizaciones a la Seguridad Social, aunque se recomienda conservar indefinidamente los contratos de trabajo

Operación Amperio: la AEAT intensifica las inspecciones

La denominada Operación Amperio representa la estrategia de la AEAT para detectar el uso de software de doble uso (también denominado software de ocultación de ventas) y verificar el cumplimiento de los requisitos de integridad en los sistemas de facturación. Durante 2025, la operación se extendió a mas de 100 inspecciones en 15 comunidades autónomas, con especial énfasis en el sector hostelero, el comercio minorista y los servicios profesionales.

Las inspecciones no solo verifican la correcion de las declaraciones tributarias presentadas, sino también la integridad de los sistemas informáticos utilizados para generar y conservar la documentación. Empresas con sistemas de archivo inadecuados han recibido requerimientos de documentación que no han podido satisfacer, derivando en estimaciones indirectas de bases imponibles.

Que puede revisar la AEAT en una inspección

En el marco del endurecimiento del control, los inspectores pueden solicitar:

• Acceso al sistema de facturación y a los registros completos de facturas emitidas y recibidas
• Demostración de que los sistemas no permiten la modificación o eliminación de registros
• Evidencia de la integridad de los archivos documentales (hash, firma digital)
• Registros de acceso a los sistemas de facturación y archivo
• El libro registro de facturas en formato electrónico

Implicaciones para las empresas

Las empresas que no disponen de un sistema de archivo documental que garantice la integridad y la trazabilidad de sus documentos electrónicos se enfrentan a riesgos importantes:

• Sanciones por incumplimiento de los requisitos formales de facturación
• Estimación indirecta de la base imponible en caso de no poder acreditar la totalidad de las operaciones
• Responsabilidad de administradores y directivos en caso de irregularidades sistémicas